Alois Brunner syntyi huhtikuun 8. päivänä vuonna 1912 Rohrbrunnissa, Itävallassa. Brunner liittyi Itävallan kansallissosialistiseen puolueeseen 19-vuotiaana vuonna 1931. Adolf Hitlerin tultua valtaan Saksassa 1933 Brunner muutti Saksaan ja hänelle myönnettiin Saksan kansalaisuus.
Brunner liittyi myös SS-joukkoihin ja pääsi työskentelemään SS-everstiluutnantti Adolf Eichmannille. Eichmann arvosti Brunnerin ajatuksia ja he ystävystyivät nopeasti; Eichmann kutsui Brunneria “parhaaksi mieheksi”.
Alois Brunner ei osallistunut taisteluihin toisen maailmansodan aikana vaan työskenteli koko ajan Eichmannille. Brunner toimi Wienissä juutalaisasiain toimiston johtajana, minkä jälkeen hän sai komennuksen Pariisiin kesäkuussa 1944. Hän oli siellä aina elokuuhun 1944 saakka.
Sodan päätyttyä huhuttiin, että CIA olisi palkannut Brunnerin, koska CIA uskoi hyötyvänsä hänestä. Brunnerista haluttiin tehdä agentti, koska hänen kiihkeä kommunisminvastaisuutensa ja Neuvostoliiton syvä tuntemuksensa voisi olla CIA:lle hyödyksi kylmän sodan aikana.
Brunner päätyi kuitenkin Syyriaan, jonne hänen uskottiin lentäneen vuonna 1954. Brunner palkattiin Syyrian tiedustelupalveluun, jossa hänen oletetaan kohonneen korkeaan asemaan kehitellessään Syyrian palvelua. Brunner jäi eläkkeelle tiedustelupalvelusta 1960-luvulla.
Simon Wiesenthal uskoi Brunnerin asuvan Damaskoksessa väärällä henkilöllisyydellä “tri Georg Fischer”. Brunner tuomittiin kahdesti kuolemaan poissaolevana ja myös Ranska tuomitsi hänet kuolemaan vuonna 1954. Elokuussa 1987 Interpol antoi Brunnerista kansainvälisen pidätysmääräyksen ja vuonna 1991 EU vaati Syyriaa luovuttamaan Brunnerin. Syyrian vastaus oli kuitenkin selvä; heillä ei ollut “Alois Brunner -nimistä miestä”. Saksan valtakunnansyyttäjä lupasi 330 000 dollarin palkkion pidättämiseen johtavasta tiedosta.
Mossad lähetti Brunnerille kirjepommin, joka räjähti ja vei Brunnerilta useita sormia sekä toisen silmän. Vuonna 1999 huhuttiin, että Brunner olisi kuollut vuonna 1996 ja että hänet olisi haudattu Damaskokseen. Eräs saksalainen toimittaja kertoi Syyriassa vieraillessaan Brunnerin asuvan Meridian-hotellissa Damaskoksessa. Brunnerin kuolemasta ei oltu varmoja ja niinpä Ranska tuomitsi hänet poissaolevana elinikäiseen vankeuteen 2. maaliskuuta 2001. Myös Puola vaati Brunnerin luovuttamista vuonna 2000 ja sätti Syyriaa “natsirikollisen suojelemisesta”.
Vuonna 1987 Brunner antoi puhelimitse haastattelun, joka julkaistiin itävaltalaisessa Bunte-sanomalehdessä. Haastattelussa hän sanoi, ettei kadu mitään ja että “roskasta oli päästävä eroon”. Alois Brunnerista annettu pidätysmääräys ja vankeusrangaistus on voimassa aina 2020-luvulle saakka.
